Für den VfL war der Pokalsieg das Sahnehäubchen auf eine Saison, die sie in der Bundesliga eine Woche zuvor als Vizemeister mit der Qualifikation für die Champions League beendet hatten.
Vor 75.815 Zuschauern im ausverkauften Olympiastadion erzielten Luiz Gustavo (22.), Kevin De Bruyne (33.) und Bas Dost (38.) die Tore für die Niedersachsen zum ersten Titel für Trainer Dieter Hecking.
Pierre-Emerick Aubameyang (5.) hatte den BVB zunächst in Führung gebracht.
"Die Mannschaft hat nach schnellem Rückstand toll reagiert", sagte Wolfsburgs Manager Klaus Allofs bei Sky, "wenn man sich weiter entwickeln will, gehören solche Erfolge, solche Titel dazu."